L'Agence, dont le siège sera à Saint-Maurice (Val-de-Marne), sera dotée d'un budget de six millions d'euros cette année, cofinancé à parts égales par les ministères de la Santé et de l'Environnement. Elle recrutera une trentaine d'agents en 2002.
"Agence d'objectifs et non de moyens", elle sera chargée de conduire des recherches sur les liens entre santé et environnement, a rappelé le ministre en soulignant que certaines pathologies paraissaient être d'origine environnementale plutôt que somatique.

Dans l'immédiat, l'AFSSE pourrait se pencher sur les effets sur la santé des "centaines ou milliers de nouvelles molécules chimiques inventées chaque année par les industriels".